南西方向から暖流の対馬海流が流入してくるため、気候は温暖で、寒暖差も小さい。冬場は東シナ海側を中心に曇りがちの天気になる事が多く、時雨や雪を降らせる事がある。積雪することは少ないが、すぐ西側は東シナ海なので季節風の風向によっては、雪雲が遮られずに供給される事により、大雪となることがある。特に2001年1月16日には長崎市で14cmの積雪を観測し、県内各地で大雪となった。

しかし、九州地方最北端の対馬では朝鮮半島のすぐ南側に位置する為、東シナ海で発生した雪雲は朝鮮半島に遮られる上、朝鮮半島との海上区間はわずか50km程と極端に短いため雪雲は発達せず、降雪日は多いものの積雪することは稀である。

生物的見地からみると、各地の海岸にみられるアコウなどの亜熱帯性植物は温暖な気候を反映している。他にも大陸に近いためツシマヤマネコやムツゴロウなどの大陸系遺存種が多いこと、各地の離島で多くの亜種・変種が確認されていることなども特徴である。

長崎県の気象データ